Une augmentation rapide des infections respiratoires a été signalée au sein d'une école secondaire de Bujumbura, au Burundi, en janvier 2026. Les autorités sanitaires locales ont réagi face à cette propagation soudaine touchant les élèves de l'établissement. Des analyses médicales approfondies ont été effectuées sur les sujets présentant des symptômes cliniques. Les élèves testés se sont révélés négatifs au SARS-CoV-2. Ces examens ont permis d'exclure la présence du virus responsable de la pandémie de Covid-19 parmi les cas recensés dans l'école. Les investigations se poursuivent afin d'identifier précisément l'agent pathogène à l'origine de ces affections respiratoires constatées en ce début d'année.
Analyse génomique des prélèvements
Des chercheurs ont analysé huit prélèvements nasopharyngés effectués sur des élèves de l'établissement scolaire. Ces analyses ont été réalisées à l'aide du panel de surveillance virale Illumina Viral Surveillance Panel version 2, installé sur une plateforme de séquençage iSeq 100.
Le virus de la grippe A a été détecté dans sept des huit échantillons ainsi examinés. Ces résultats permettent d'identifier précisément l'agent pathogène responsable des affections respiratoires constatées au sein de l'école de Bujumbura. Les données issues de ce séquençage confirment la présence du virus de la grippe A(H3N2) parmi les sujets testés, écartant les autres hypothèses initiales. Les travaux techniques se sont appuyés sur le matériel fourni par la société Illumina pour caractériser la souche virale circulant dans cet établissement.
Identification du sous-clade viral
Quatre prélèvements parmi les échantillons analysés ont permis d'obtenir des génomes quasi complets du virus. Les résultats de cette étude génomique identifient ces séquences comme appartenant au sous-clade K de la grippe A(H3N2).
L'analyse phylogénétique pratiquée sur ces données suggère la circulation d'au moins deux lignées virales distinctes du sous-clade K au cours de l'épidémie survenue dans l'établissement scolaire. Cette diversité génétique indique une propagation complexe au sein de la population étudiée à Bujumbura, impliquant plusieurs souches simultanées du même sous-clade.
Les examens de laboratoire ont également porté sur la sensibilité aux traitements antiviraux. Aucun marqueur de résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase n'a été détecté dans les échantillons prélevés sur les élèves. Cette absence de mutation spécifique confirme que les souches identifiées demeurent théoriquement sensibles aux molécules antivirales couramment utilisées pour traiter les infections grippales de type A. Les données génomiques complètes ont été transmises à la base de données GISAID afin de permettre une comparaison avec les souches circulant actuellement en East Africa ainsi que dans d'autres régions du monde, notamment au Morocco, en Germany et à Rotterdam. Le docteur Néhémie Nzoyikorera supervise les travaux de documentation liés à ces caractéristiques virales.